OpenBrain: Tüm Beyin MRI Parselasyonu için Denetlenebilir Oluşturulmuş Etiket Yayını

Özetle: Otomatik araçlar artık kohort ölçeğinde tüm beyin MRI parselasyonlarını oluşturabiliyor, ancak oluşturulan etiket yayınları genellikle hangi vakaların yeniden kullanılacak kadar güvenilir olduğuna dair çok az kanıt sağl…

Özet

Otomatik araçlar artık kohort ölçeğinde tüm beyin MRI parselasyonlarını oluşturabiliyor, ancak oluşturulan etiket yayınları genellikle hangi vakaların yeniden kullanılacak kadar güvenilir olduğuna dair çok az kanıt sağlıyor. 607 kaynak veri kümesinden 35.838 kaynağı doğrulanmış OpenNeuro T1w vakasının güven odaklı bir sürümü olan OpenBrain'i tanıtıyoruz. OpenBrain, bağımsız segmentasyon dosyaları dizini yerine denetlenebilir bir vaka kaydı yayını olarak düzenlenmiştir: her kayıt bir birincil parselasyonu, iki komite parselasyonunu, kaynak/lisans kaynağını, ham QC-7 ölçümlerini, yüzdelik riskleri, birleşik risk puanı R'yi ve bir güven kademesini birbirine bağlar. QC-7, etiket geometrisi, görüntü-etiket tutarlılığı ve komite anlaşmazlığı üzerine referanssız bir güvenilirlik panelidir; böylece kullanıcılar, çıkarımı yeniden çalıştırmadan oluşturulan etiketleri filtreleyebilir, ağırlıklandırabilir, denetleyebilir veya yeniden eşik değeri belirleyebilir. Yayınlanan bu kanıtları dondurulmuş bir protokol kapsamında değerlendiriyoruz. Harici gruplar genelinde, daha düşük QC-7 riski, daha yüksek oluşturulan etiket kalitesine karşılık gelir; Sabit bütçeli eğitimde, düşük riskli seçimler, eşleştirilmiş makro Zarları rastgele seçime göre +3,2 ila +3,7 yüzde puan artırır. OpenBrain ayrıca ham eksenleri, komite çıktılarını, kaynağı ve veri sayfası belgelerini de ortaya çıkarır, böylece güven iddiaları indirildikten sonra incelenebilir kalır. Oluşturulan etiketleri manuel ek açıklamalara veya klinik düzeyde segmentasyonlara dönüştürmez. Katkısı, büyük bir açık oluşturulmuş parselasyon alt tabakası, yeniden kullanılabilir vaka düzeyinde risk kanıtı katmanı ve yayın süresi kalite kontrol için harici bir doğrulama protokolüdür. Veri kümesi: https://huggingface.co/datasets/lanqz7766/OpenBrain. Kod: https://github.com/lanqz7766/openbrain.

Orijinal Özet (İngilizce)

Automatic tools can now generate whole-brain MRI parcellations at cohort scale, but generated-label releases often provide little evidence about which cases are reliable enough to reuse. We introduce OpenBrain, a confidence-aware release of 35,838 provenance-verified OpenNeuro T1w cases from 607 source datasets. OpenBrain is organized as an auditable case-record release rather than a directory of standalone segmentation files: each record links a primary parcellation, two committee parcellations, source/license provenance, raw QC-7 measurements, percentile risks, a combined risk score R, and a confidence tier. QC-7 is a reference-free reliability panel over label geometry, image-label consistency, and committee disagreement, so users can filter, weight, audit, or re-threshold generated labels without rerunning inference. We evaluate this released evidence under a frozen protocol. Across external cohorts, lower QC-7 risk corresponds to higher generated-label quality; in fixed-budget training, lower-risk selections improve paired macro Dice over random selection by +3.2 to +3.7 percentage points. OpenBrain also exposes raw axes, committee outputs, provenance, and datasheet documentation, so confidence claims remain inspectable after download. It does not turn generated labels into manual annotations or clinical-grade segmentations. Its contribution is a large open generated-parcellation substrate, a reusable case-level risk-evidence layer, and an external validation protocol for release-time QC. Dataset: https://huggingface.co/datasets/lanqz7766/OpenBrain. Code: https://github.com/lanqz7766/openbrain.

Kaynak: arXiv:2611.05348 · PDF